Przez wiele wieków wzgórza Golan zajmowane były przez bardzo różne cywilizacje. Najpierw (w 700 wieku przed naszą erą) teren ten zajęli Asyryjczycy następnie ziemie te zagarnęli Babilończycy, a po nich Persowie. W V wielu przed naszą erą osadzili się tu Żydzi, którzy wracali z niewoli babilońskiej. Kiedy zakończył się czas panowania Bizancjum cały obszar wzgórz podbili Arabowie, a w XVI wielu przejęli je Turkowie.
Po I wojnie światowej wzgórza Golan przypadły w udziale Francji, a po drugiej wojnie światowej dostały się one Syrii (1944 rok). Po wojnie żydowsko-arabskiej 1948 roku, w wyniku zawartych porozumień wzgórza Golan miały stać się strefą częściowo zdemilitaryzowaną. Jednak Syryjczycy ufortyfikowali cały płaskowyż i ostrzeliwali stąd żydowskie miasteczka i wioski w Galilei. Podczas Wojny Sześciodniowej 1967 roku, wojska izraelskie zdobyły Wzgórza Golan. Podczas działań wojennych ponad 90% tutejszej populacji (Druzowie, Arabowie i chrześcijanie) udała się na uchodźctwo. Z rozmaitych powodów Izrael uniemożliwił im powrót do swoich domów. Prawie natychmiast po zdobyciu, Izrael rozpoczął kolonizację Wzgórz Golan. Pierwszy Kibbutz Merom Golan został założony w lipcu 1967 roku. Do 1970 roku powstało 12 żydowskich osad, a w 2004 roku istniało już 34 osiedli, w których mieszkało około 18 000 ludzi. Podczas wojny Jom Kippur w 1973 roku, wojska syryjskie uderzyły na południową część Wzgórz Golan. Doszło tutaj do ciężkich walk. W wyniku zawartego rozejmu, na granicy izraelsko-syryjskiej utworzono strefę zdemilitaryzowaną, która podlega międzynarodowym siłom pokojowym ONZ.
W 1981 roku Izrael uznał Wzgórza Golan za część składową swego państwa i objął to terytorium izraelskim prawem, jurysdykcją i administracją. Syria oraz międzynarodowa społeczność nie zgadza się z tą decyzją.
Do momentu wybuchu wojny w 1967 roku główną osadą wzgórz Golan była Quneitra, jednak w czasie przeprowadzanych tu działań wojennych została ona zdobyta i niemal doszczętnie zniszczona. Obecnie znajduje się tu izraelski punkt obserwacyjny, z którego rozciąga się wspaniały widok na Syrię i Galileę. Bardzo blisko tego miejsca znajduje się obóz wojskowy, w którym stacjonują Polscy żołnierze. Okolice te wydają się turystom być bardzo spokojne i bezpieczne. Trzeba jednak zwrócić uwagę na niemal wszechobecne tabliczki, które informują nas o zagrożeniu minami.
Obecnie główną miejscowością wzgórz Golan jest małe (zaledwie około 7 tysięczne) miasteczko Qazrin, które powstało w 1977 roku. W jego centrum znajduje się nowoczesna galeria rozrywkowo – handlowa, a wokół niej pojawiają się kolejne osiedle mieszkaniowe.